После ожесточенных событий в последней части фильма мир, где мутанты находятся в постоянном противодействии с людьми за сферы влияния, претерпел существенные изменения. Десятки тысяч лет назад появился самый древний и могущественный мутант Апокалипсис. В разные эпохи человечества его называли разными именами. После своего возвращения он планирует подчинить себе всех мутантов и воссоздать новый порядок на руинах современного мира. Всем оставшимся Людям Икс предстоит объединиться для того, чтобы вступить в самую опасную в своей жизни схватку с могущественным древним мутантом. На кону в этой битве стоит выживание всего живого на Земле. Однако сил и возможностей Людей Икс недостаточно, чтобы одолеть восставшего монстра. Также Апокалипсис избрал себе четырех последователей, которых наделил невероятной силой. Ключ в победе над древним мутантом лежит в нейтрализации его верных слуг. В попытках одолеть Апокалипсиса Люди Икс узнают интересную информацию о своем происхождении. Однако неуязвимый и бессмертный самый древний мутант на Земле продолжает оставаться невероятно мощным, а вероятность победы над ним с каждым часом становится все ниже.